지난해 상위 대기업집단이 받은 국세 감면액이 80% 이상 증가한 반면, 중소기업의 감면액은 4%대 증가에 그쳤다. 이러한 차이는 대기업의 연구개발 및 투자 증가에 따른 것으로 분석된다.

23일 국민의힘 이양수 의원실이 재정경제부에서 받은 '2025년도 조세지출결산서'에 따르면, 지난해 상호출자제한기업(상출집단)의 국세감면액은 4조 2685억 원으로 2024년 대비 81.8% 증가했다. 상출집단은 자산 총액이 국내총생산(GDP)의 0.5% 이상인 대기업집단으로, 올해 기준 47개 기업이 포함된다. 전체 기업 감면액 26조 7612억 원 중 상출집단이 차지하는 비중은 16.0%로 전년 대비 6.2%포인트 상승했다.

조세지출은 정부가 다양한 정책 목적을 달성하기 위해 세금을 깎아주는 형태로, 사실상 재정지출과 유사한 효과를 낸다. 반면, 중소기업의 감면액은 18조 8301억 원으로 4.3% 증가에 그쳤으며, 전체 기업 감면액 내 비중은 75.1%에서 70.4%로 감소했다. 전체 기업 감면액은 전년보다 2조 7021억 원 늘었고, 이 중 상출기업 증가분의 비중은 71.1%를 차지했다.

재경부 관계자는 "연구인력개발비 세액공제와 통합투자세액공제가 대기업에서 많다"며 "상출집단 기업들이 투자를 많이 하니까 이런 결과가 나온 것으로 보인다"고 설명했다. 연구인력개발비 세액공제는 지난해 4조 1476억 원으로 전년보다 1조 1902억 원 늘었고, 통합투자세액공제도 2조 4887억 원으로 전년보다 7194억 원 증가했다.

지난해 전체 국세감면액은 76조 1084억 원으로 전년보다 5조 5914억 원 늘었다. 국세감면율은 16.1%에서 15.9%로 0.2%포인트 낮아졌으나, 법정한도(15.5%)는 0.4%포인트 초과했다. 정부는 올해 감면액이 80조 5277억 원, 감면율은 16.1%로 법정한도(16.4%)를 지킬 것이라고 국회에 보고했다.

재경부는 전체 조세지출 241개의 약 50%인 115개를 정비해 총 2조 5000억 원 감축 효과를 내는 '2026년 세제 개편안'을 발표했다. 조세지출결산서는 올해 처음으로 국회에 제출됐으며, 이는 조세특례제한법 개정에 따른 것이다.

이러한 변화는 대기업과 중소기업 간의 세제 혜택 격차를 보여주며, 정부의 세제 정책이 기업의 투자와 연구개발에 미치는 영향을 시사한다. 이는 향후 경제 성장과 기업 경쟁력 강화에 중요한 요소로 작용할 수 있다. 대기업의 연구개발 및 투자 증가는 경제 전반에 긍정적인 영향을 미칠 수 있지만, 중소기업의 상대적 불이익은 장기적으로 경제의 균형 발전에 부정적인 영향을 줄 수 있다. 정부는 이러한 불균형을 해소하기 위한 정책적 노력이 필요할 것이다.